罗氏454测序系统是由454生命科学公司推出的第二代基因测序技术，开创了第二代测序技术的先河。该技术基于合成测序法（Sequencing by synthesis, SBS）原理的焦磷酸测序法，通过生物发光检测DNA序列。该系统采用emPCR平行扩增技术，支持基因组DNA、cDNA等多种样品类型，具有运行速度快（3-5天）、单读长长（400bp）及高准确性（＞99.5%）的特点 。
该系统经多次升级后，GS FLX分析仪配合Titanium试剂通量达400Mb/反应，支持3-20kb插入片段双端测序，并配备作图、拼接等功能的软件包 。其应用涵盖全基因组de novo测序、转录组分析，曾发表于《自然》杂志的大西洋鳕鱼全基因组测序项目即采用该技术实现40倍覆盖度拼接 。新基因发现、SNP筛选等功能可通过生物信息学分析大量EST序列完成 。
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