《魔法的禁书目录：恩底弥翁的奇迹》是由朝仓亮介作画的漫画作品，改编自镰池和马原作的同名剧场版动画。该作于《月刊少年GANGAN》2013年3月号至11月号连载，共9话，单行本全2卷由史克威尔·艾尼克斯分别于2013年8月27日 、2013年10月22日 发行。
漫画以学园都市为舞台，围绕宇宙升降机“恩底弥翁”的建造展开，讲述了上条当麻与茵蒂克丝在科学与魔法交织的世界中，与无能力者少女鸣护阿莉莎相遇并共同探寻事件真相的故事 。作品延续原作角色设定与核心冲突，通过新角色的加入扩展了剧场版剧情脉络 。
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