《X档案》第5季是由金·曼纳斯执导，大卫·杜楚尼、吉莲·安德森主演的美国科幻电视剧，1997年由福克斯广播公司推出，共20集。本季延续前作框架，邀请科幻作家参与剧本创作，并与电影版形成联动。
剧情围绕FBI探员穆德与史卡利调查超自然现象的主线展开，揭露政府伪造外星人证据的骗局，对抗神秘组织“辛迪加”。史卡利身陷基因实验谜团并发现“女儿”埃米莉的真相，穆德则深入五角大楼的核心阴谋。单元案件涵盖人工智能觉醒、变异生物袭击等题材，穿插吸血鬼小镇、科学怪人等独立故事。季终以X档案办公室被焚毁收尾，衔接后续电影版剧情。
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