新农合管理软件，又称新型农村合作医疗管理软件，是专门用于新型农村合作医疗业务管理的计算机管理信息系统 。该系统通过对接医院信息系统（HIS）实现住院患者动态监控、费用审核及实时结算功能。系统以国家级和省级两级平台为核心，采用框架式结构。省级平台需统一各县管理系统，具备即时结算、数据汇总等功能 。系统采用B/S结构，使用Java开发语言和Struts+Spring+Hibernate框架。系统涵盖了参合管理、补偿处理、辅助支持、决策管理、工作流管理等业务功能 。
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