《南通大学学报（医学版）》创刊于1981年，原名《南通医学院学报》，2005年因南通大学组建更名为《南通大学学报（医学版）》，2009年经国家新闻出版总署批准正式更名并调整刊号为CN 32-1807/R 。该刊是由江苏省教育厅主管、南通大学主办的综合性医学类学术期刊，为双月刊 。期刊主要刊载基础医学、临床医学、预防医学、中医学及航海医学等领域的研究成果，并刊载南通大学及其附属医院、全国交通系统医疗单位的最新医学研究成果 。设有论著·神经科学研究、专家述评、基础研究、临床研究、研究简报、技术方法、调查报告、病例报告、文献综述等栏目 。实行三审三校制度，投稿须包含中英文摘要与创新性论证 。期刊被中国知网、万方、维普、日本JST China等国内外数据库收录 。获评江苏省一级期刊、中国高校优秀科技期刊等荣誉，2023年入选“中国高校科技期刊建设示范案例库”，2025年获“非晓杯”科技期刊宣传海报大赛最佳学术传达奖二等奖 。
2024年，《南通大学学报（医学版）》成立首届青年编辑委员会，并于同年12月召开第八届编委会暨首届青年编委会成立会议 。
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