南通市教育局是南通市人民政府的下设机构。 现任领导包括市纪委监委派驻市教育局纪检监察组组长余晔、副局长朱全中等。
2020年11月，南通市教育局被江苏省委、省政府授予“全省抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。 2021年9月，荣获江苏省教育系统先进集体。 同年10月，被表彰为江苏省脱贫攻坚暨对口帮扶支援合作先进集体。 2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。 2025年11月，针对某初中被指要求成绩差学生签署“放弃中考承诺书”的情况，南通市教育局回应称该校不存在此情况，并强调相关程序需严格确认。
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