珊瑚生态系统是以造礁珊瑚遗骸与石灰质藻类共同形成的礁石结构及关联生物群落为核心的热带、亚热带海洋生态系统，被《生态学名词》（2006年）定义为全球初级生产量最高的生态系统类型之一，具有“海洋热带雨林”之称 。我国珊瑚礁主要分布于南海及华南沿岸，现存造礁石珊瑚393种，占全球已发现种类的40% 。根据2025年调查评估，黄岩岛珊瑚礁生态系统记录造礁石珊瑚134种，活珊瑚平均覆盖度29.8% 。
该生态系统因海洋热浪引发的白化危机导致全球14%珊瑚礁消失，目前面临海水升温、酸化等威胁 。中国通过人工礁体投放、珊瑚苗移植等技术修复退化区域，在涠洲岛修复珊瑚礁40公顷，移植珊瑚苗12万株，使珊瑚种类从46种增至62种；蜈支洲岛珊瑚覆盖率从15%提升至37.08%，并建立珊瑚礁长期监测评估系统 。2026年，观测团队在深圳大鹏半岛南澳海域记录到粗糙腔星珊瑚与角蜂巢珊瑚的大规模产卵行为 。立法方面，徐闻珊瑚礁国家级自然保护区实施司法保护令，设立繁殖期特殊保护条款 。全球采取珊瑚礁突破计划、海洋保护区设立等应对措施，但实现生态恢复仍需控制碳排放 。
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