南京市秦淮区人民政府（the Nanjing Qinhuai District People's Government）（简称“南京市秦淮区政府”）是江苏省南京市秦淮区的国家行政机关，是南京市秦淮区人民代表大会的执行机关，对南京市秦淮区人民代表大会和南京市人民政府负责并报告工作，在南京市秦淮区人民代表大会闭会期间，对南京市秦淮区人民代表大会常务委员会负责并报告工作。
南京市秦淮区人民政府由区长、副区长和局长等组成，每届任期五年，实行区长负责制，区长主持南京市秦淮区人民政府的工作。
现任南京市秦淮区政府区长、党组书记：葛飞。
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